Los restos de personas importantes y religiosos de la ciudad fueron depositados dentro de las criptas y osarios de la Iglesia; en la actualidad parte de ellos fueron trasladados a la catedral de la Inmaculada Concepción, mientras que otros son custodiados por el museo y permanecen en su reserva. La tapa de la cripta fue hecha por un autor anónimo, su fecha de elaboración también es desconocida. La técnica es en bajo relieve en mármol, sus dimensiones son 138 cm. X 110,5 cm. X 15,5 cm.

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A partir de 1832, fecha en que termina la redecoración del templo, el mantenimiento mínimo y el paso del tiempo provoca un lento pero progresivo deterioro. En los años 40 se repinta todo el templo con pinturas industriales, que ocultan la belleza de su decoración original.

 

En 1981 se cierran definitivamente las puertas de la Catedral Vieja, lo que contribuyó a una aceleración en el deterioro de su arquitectura como de sus bienes muebles.