Los trabajos de restauración se iniciaron en mayo de 1999, cuyo propósito fue el de recuperar y poner en valor este monumento.

 

Como principales criterios de intervención se decidió mantener el orden estructural, los materiales y tecnologías tradicionales. Fue posible recuperar pinturas que fueron cubiertas con pintura industrial monocromática en el siglo XX, una de las zonas de mayor importancia es el presbiterio.

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En lo escultórico y pictórico se priorizó la conservación sobre la restauración, con el propósito de mantener su originalidad y carácter histórico. La colección de textiles suma 412 piezas, respectivamente inventariadas y catalogadas. La colección de libros pertenece a la biblioteca del Seminario Mayor San León Magno y datan de los siglos XVI al XX.